氢氘交换 (HDX-MS)
HDX-MS测量蛋白质结构骨架中氢分子的可及性。在分析过程中，未结合的抗原和结合的抗体-抗原复合物都在氘 (D2O) 水中孵育，以便将任何酰胺氢与来自蛋白质骨架暴露氨基酸的氘交换。然后可以使用高分辨率质谱法仔细确定这些氘分子在蛋白质序列上的位置。通过比较未结合的抗原与结合的抗体-抗原复合物，可以确定表位的残基。该技术需要仔细控制反应的温度、pH 值和时间。
HDX-MS 的其他应用通过 CovalX 的 HDX 分析利用高分辨率分子结构视图用于以下项目：
☛ 生物仿制药表征
☛ 高阶结构
☛ 构象/蛋白质动力学
☛ 小分子相互作用
☛ 蛋白质-蛋白质相互作用
☛ 蛋白质折叠表征
交联耦合质谱 (XL-MS)
超大质谱仪首先用质量标记的化学交联剂结合抗体和抗原。接下来，使用高质量 MALDI 检测确认复合物的存在。由于在应用交联化学后，Ab/Ag 复合物非常稳定，因此可以将多种酶（五种并行使用）和消化条件应用于复合物以提供许多不同的重叠肽。这些肽的鉴定使用高分辨率 Orbitrap™ 质谱和 MS/MS 技术进行。使用连接到交联试剂的质量标签来确定交联肽的识别。使用特定相互作用软件进行 MS/MS 碎裂和数据分析后，在同一实验中确定表位和互补位。由于质谱检测的高灵敏度和准确度，需要的材料量非常少。
XL-MS 的其他应用：
☛ 蛋白质-蛋白质相互作用
☛ 映射聚合
☛ 平行互补位映射分析